テンプレート編集画面から、テンプレートモジュール内の「バナーヘッダー」を開きます。
「バナーヘッダー」の最下部に

<mt:Ignore>
<div id="nav">
    <div id="nav-inner">
        <ul>
            <li class="home"><a href="<$MTBlogURL$>">Home</a></li>
            <li><a href="<$mt:Link template="archive_index"$>">Archives</a></li>
        </ul>
    </div>
</div>
</mt:Ignore>

とありますので、最初と最後の

<mt:Ignore>
</mt:Ignore>

2行を削除します。
削除したら保存し、再構築を行うと、ヘッダーにナビゲーションバーが表示されます。