Movable Type 5.0（以下 MT）を新規インストールしてみて、現在使用している MT4 と比べると、構成の変更に少し戸惑いました。
MT4 は、１つのブログを作成すると、ブログの中にブログ記事とウェブページが混在し、ブログ記事とウェブページが１つの構成要素となっていました。
これ比べ、MT5 はインストールすると１つのウェブサイトを大枠として構成し、新たにウェブサイトの中にブログを作成ます。
ブログ記事は「ウェブサイト＞ブログ＞ブログ記事」といった形になります。
対して、ウェブページは、ウェブサイトとこれまで通りブログにも作成ができます。
ウェブページを多用し、ページを構築しきた場合には、ウェブサイトにページを移植すれば問題はないとは思うのですが、ブログ記事の場合、ウェブサイトの中にブログを作成する事になるので
http://www.domain.com/blog/
といった URL に変更がなってしまう様です。
現状の MT4 に MT5 を上書きでアップデートをしていませんが、テンプレートやアーカイブパス等で記事をドメイン直下に纏めていた場合、上記の様に URL が変更されてしまう可能性があるので、たたらを踏みつつ途方にくれている所です。
しかし、基本的に、こうしたバージョンナンバーが大きく変更される場合、新規インストールして記事をインポートするという手法を取る事が多いので、構成とアップデートした後の対処、追加要素を模索中です。