ふと、iPhone / iPad App（アプリ）のバックアップを最後に行ったのは何時だったか確認したところ 1年程前だった。

iTunes でダウンロードしたアプリや、PC と同期した際、iTunes へ転送されたアプリの保存先は、設定を変更していない場合、以下の場所になります。

Mac OS X

~/Music/iTunes/iTunes Music/Mobile Applications

Windows Vista / 7

C:\Users\ユーザ名\Music\iTunes\Mobile Applications

Windows XP

C:\Documents and Settings\ユーザ名\My Documents\My Music\iTunes\Mobile Applications

この「Mobile Applications」フォルダの中に入っている .ipa ファイルが iPhone / iPad のアプリです。
まとめてバックアップをしてしまうなら「Mobile Applications」ごとコピーします。特定のアプリのみバックアップを行う場合は、アプリの .ipa ファイルをコピーしましょう。

バックアップからアプリを復元を行う場合は、iTunes を起動し、ライブラリの「App」を選択し、.ipa ファイルをドロップします。
「Mobile Applications」フォルダを入れ替えてしまえば、バックアップ状態に戻ります。

バックアップから復元したアプリの iTunes アカウントが異なる場合は iPhone / iPad へは転送できません。