Movable Type 5.13 / 5.07 / 4.38 から、MTInclude タグを使用してファイルを Include した場合、再構築がエラーになります。
<$MTInclude file="/var/www/html/some-fragment.html"$>
これは、セキュリティ対策の一環として file modifier が無効化されている為、発生します。
Movable Type 5.13 / 5.07 / 4.38 で file modifier を使用する場合、mt-config.cgi に以下の環境変数を追記します。
AllowFileInclude 1