ここ数日（2013/12/17 現在）、iTunes でアプリのアップデートをチェックすると
「iTunes ライブラリにある App のアップデートはありません」
と、アップデートがあるにもかかわらず、全くヒットしないという状況が続きました。
【解決方法】iTunesでアプリの一括アップデートを確認した際に「Appはすべて最新です」と表示される問題
とうとう、原因が判明し解決する事ができました。
原因は、複数の Apple ID を使用してアプリをダウンロードしていた場合に発生する様です。
日本のアカウント複数でも発生するのかな？ちょっと、その辺はよく分からないです。
自分も iTunes US のストアから日本のストアには無いアプリをダウンロードする為に2つの Apple ID を使用していたので、見事にヒット！アップデートはヒットしなかったのに。座布団1枚持って行って。
解決方法は、どちらか一方の Apple ID、メインで使う方がいいですね、でダウンロードしたアプリ以外を全て削除する。
これだけです。大量にダウンロードしていた人は泣きますね。
そういう場合でも、先の解決方法を書いて頂いた記事を見るとサクサク削除できそうです。
自分の場合は、US アカウントを取得したばかりで、アプリ 8本を手動削除で済みました。
Apple は、複数アカウントに対する何らかの対処を行ったんですかね？
しかし、家族で iPhone を複数所有し、それぞれで Apple ID を取得し、PC は1台で使ってるなんて事もザラにあるとは思うんですが、こういう事を知るよしもない人は延々とアップデートが無いという状況になりかねませんね。iOS 端末からはアップデートできるので、それはないか。
あと、iOS 端末にインストールされていて、iTunes ライブラリにアプリが無い場合、iTunes へコピーしますか？という警告が出ると思うのですが、別アカウントでダウンロードしたアプリは転送されませんでした。