Time Machine でバックアップを行った際、/Application フォルダがバックアップ対象から外れてしまう事があります。
自分の場合、Backups.backupdb から古いのを削除してしまって、対象外になっていたかもしれません。
/Application フォルダを Time Machine のバックアップ対象にするには、/Library/Preferences フォルダ内にある「com.apple.TimeMachine.plist」を削除し、再起動したら改善されました。
これをやる前に、念の為、Backups.backupdb フォルダを削除して、新規のバックアップとして再稼働させたので、過去のものから継続して /Application フォルダのバックアップが行われるかは不明です。