さくらインターネットで新規にデータベースを作成しようとしたところ
「作成済みのデータベースバージョンと互換性がないため、ご指定のバージョンは作成することができません」

と、赤字で警告が表示され、データベースの作成ができませんでした。

この問題は、既に作成されているデータベースのバージョンが古い為、発生します。
以下のスクリーンショットを見ると、作成済みのデータベースバージョンは MySQL 4.0 です。

現在、さくらインターネットで MySQL 4.0 でデータベースの作成は出来なかったと思いますが、記憶にすらない程、昔に作成したものが残っていました。
新規にデータベース作成するには、先の MySQL 4.0 で作成されているデータベースを削除する必要があります。削除しないと、新規データベースを作成できません。消すしかありません。
幸い、この MySQL 4.0 のデータベースは使っていなかったので、さくっと削除し、無事に新規のデータベースを作成する事が出来るようになりました。この様な現象は、古いデータベースを必要とするソフトウェアを使用していない限り発生することは無いと思いますが、使用しているソフトウェアにバージョンアップの移行ツールや移行方法がある場合は、セキュリティ保護の為にもデータベースのアップデートを行った方が良いと思います。